Το χωριό,  από την αρχή σχεδόν της ιστορίας του, διαθέτει ένα μονοθέσιο δημοτικό σχολείο.

Τα παιδιά είναι πολλά, η δουλειά δύσκολη για τον ένα δάσκαλο. Έτσι, μερικές φορές, με δαπάνες των γονέων, προσλαμβάνονται και εποχιακοί δάσκαλοι.

Στο γυμνάσιο, δυστυχώς, συνεχίζουν ελάχιστοι μαθητές και από το πανεπιστήμιο αποφοιτεί μόνον ένας.

Μετά το 1936 – που πλέον κάποιες οικογένειες αρχίζουν και ορθοποδούν – έχουμε την πρώτη ομάδα αποφοίτων του δημοτικού σχολείου που προχωρεί με μεγάλη επιτυχία στις εξετάσεις για φοίτηση στο γυμνάσιο καθώς και στο Γαλλικό Κολλέγιο (De La Salle).

Κατά τη διάρκεια του 1940, της κατοχής και του εμφυλίου αργότερα, τα πράγματα δυσκολεύουν για όλους. Ο τότε δάσκαλος του χωριού, Λευτέρης Καρτσακλής, σκοτώνεται.

Το δημοτικό σχολείο σιγά σιγά γίνεται διθέσιο και από το 1976 τριθέσιο. Στεγάζεται σε ένα μικρό ισόγειο κτίριο με αυλή. Πολύ αργότερα, όταν το Φίλυρο οικίζεται ραγδαία και ο πληθυσμός αυξάνεται, χτίζεται καινούργιο διδακτήριο το 1987. Το 1996 ήδη το σχολείο λειτουργεί ως 7/θέσιο.

Σύντομα χτίζεται και η επέκταση του διδακτηρίου ώστε να μπορέσουν να αυξηθούν τα τμήματα, αφού η οικιστική ανάπτυξη συνεχίζεται με ταχείς ρυθμούς.  Το 2000 το δημοτικό σχολείο είναι πια 12/θέσιο.

Παράλληλα ιδρύονται νέα νηπιαγωγεία. Συνολικά το Φίλυρο αποκτά τρία νηπιαγωγεία, από τα οποία το 3ο στεγάζεται στο αρχικό, παλιό οίκημα που φιλοξενούσε το 3/θέσιο δημοτικό σχολείο.

Από το 2007 ιδρύεται το 2ο Δημοτικό Σχολείο που συστεγάζεται με το 1ο. Από την πρώτη στιγμή γίνονται προσπάθειες ώστε να χτιστεί καινούριο διδακτήριο για τη στέγαση του 2ου Δημοτικού Σχολείου.

Μέχρι να γίνει αυτό, δάσκαλοι, μαθητές και γονείς συνεργάζονται και συνωστίζονται μέσα στην ίδια μεγάλη, δημιουργική κυψέλη.